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Quando era uma jovem Padawan, Sha Koon esteve presente no Templo Jedi em Coruscant durante a Guerra Hiperespacial do Stark 44 ABY. Do planeta Troiken, seu tio, Plo Koon foi capaz de fazer contato com Sha (mesmo existindo uma distância muito entre os planetas) através da Telepatia. Sha tinha conexões vitais com seu tio, o que facilitou a comunicação bidireccional entre o Conselho Jedi e piloto da equipe em Troiken. Em resposta, o Conselho enviou uma força Jedi para ajudar, o que ajudou a trazer uma solução para o conflito.
Sha Koon passou a servir como uma Jedi com mais de 20 anos, e participou da Guerras Clônicas. Ela fazia parte de uma força tarefa de inteligência que tinha como intenção revelar a localização das minas de cortosis minério na Orla Exterior no mundo Bal'demnic. A força-tarefa que incluía Halagad Ventor, vários outros Jedis e Clone troopers assistida a nativas de sua espécie de repelir com êxito das forças da Confederaçao.
No final da Guerras Clônicas, o tio de sha, Plo Koon, foi morto por clone troopers durante a Segunda Batalha de Cato Neimoidia, através da Ordem 66 realizado por Palpatine . Neste momento, Sha estava no Templo Jedi, e conseguiu escapar da Operação: Extermínio, fugindo de Lorde Sith que passou a controlar a galaxia.
Pouco tempo depois, Sha mandou uma mensagem a Palpatine pedindo para ser sua aprendiz, e desafiando Darth Vader a um duelo. Ela lutou bem, quase venceu, mas Vader não teve piedade.
