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Dezanos antes de sua ascensão imperial, Palpatine planejou a Invasão de Naboo e usou a crise política como um pretexto para se eleger Supremo Chanceler pelo Senado Galáctico. Com a derrota de Maul pelas mãos dos Jedi, Palpatine passou a necessitar de um novo aprendiz. Dookan abandonou a Ordem Jedi e se juntou a Sidious, quem deu ao ex-Jedi o título de "Darth Tyranus". Juntos, eles formaram a Confederação de Sistemas Independentes para iniciar uma guerra galáctica. Como Chanceler Palpatine, Sidious recebeu poderes emergenciais para lidar com a crise separatista, e, com isso, ele criou o Grande Exército da República para lutar nas Guerras Clônicas. Os clone troopers do Grande Exército foram secretamente comissionados pelos Sith, e cada soldado continha um bio-chip com um protocolo pré-programado para eliminar os Jedi, os grandes inimigos dos Sith, quando a ordem fosse dada.