A Confederação de Sistemas Independentes, CSI abreviado, foi o governo formado por vários governos planetários, em conjunto com algumas corporações e empresas, que declararam suas intenções de deixar a República Galáctica durante a Crise Separatista e as Guerras Clônicas.
Nas décadas anteriores as Guerras Clônicas, a República foi vista por muitos como um governo falho, atormentado por corrupção e burocracia de naus que reprimia as vozes de muitos constituintes representados no Senado Galáctico. O afastamento cresceu durante o período seguinte ao da Batalha de Naboo, e as associações de comércio se tornaram desiludidas com a República depois que a lei de taxação em todas as rotas de comércio nos sistemas solares mais afastados foi aprovada.
Nesta situação crítica entrou CondeDookan, um antigo Mestre Jedi que ficou desiludido com a República e a Ordem Jedi que a servia. Esta figura carismática provocou sentimentos anti-República em muitos mundos, fazendo com que se criasse uma rebelião contra o governo. Uma afiliação de separatistas foi formada, com Dookan como seu líder, pressionando para que um novo governo tome o lugar da estagnática República. Eventualmente, este movimento Separatista se estabeleceu como a Confederação de Sistemas Independentes, um corpo formalmente opositório à República Galáctica.
A Confederação organizou forças armadas para sua causa, para ser usado eventualmente para ruir a República e tomar o planeta capital de Coruscant. A Federação de Comércio, comandada pela República para diminuir seu Exército Dróide após o incidente em Naboo, na verdade expandiu suas forças em segredo, adicionando seus dróides de batalha para o arsenal Separatista, que ia crescendo com adições de outras facções, como a União Techno. Fábricas em Geonosis, Hypori, e outros lugares criaram incontáveis bilhões de dróides de batalha prontos para lutar para a causa Separatista, tudo isso enquanto Dookan continuava recrutando mais sistemas solares para sua causa.
A Confederação de Sistemas Independentes foi eventualmente derrotada, apesar de não ter sido completamente culpa dos mesmos. Sofrendo perdas—e vitórias, por este motivo—desde o começo da guerra, e apesar do comando de GeneralGrievous e seus números superiores, as forças dróides foram frequêntemente derrotadas pela República. Mas, em muitos casos, Palpatine manipulava a guerra, influenciando algumas das derrotas da CSI e algumas de suas vitórias também. No final da guerra, Conde Dookan foi morto na ponte da Mão Invisível, General Grievous foi morto em Utapau, o Conselho Separatista foi executado por Darth Vader em Mustafar, e as associações de comércio foram desaparecendo no esquecimento.
Já que ambos os lados da guerra foram controlados pelos Sith, a Confederação também traçou as mesmas fundações que o Império Galáctico e seu legado vive na forma do projeto da Estrela da Morte, que se tornou a super arma do Império.
Oito anos após as Guerras Clônicas, em 11 ABY, Gizor Dellso tentou reviver a Confederação e recomeçar o conflito. Mas suas forças acabaram derrotadas na Batalha de Mustafar quando a 501ª Legião invadiu o planeta.