Clone Commando, ou Comando da República, era um soldado de elite da Grande Exército da República. Muitas vezes trabalhando em grupos de quatro, Clones Commandos foram designados para realizar operações encobertas demasiado delicado para um Clone Trooper regular. Infiltração, sabotagem, a formação da unidade externa e assassinato eram tarefas padrão para os Clones Commandos.

Quando a Ordem 66 foi emitida pelo Imperador Palpatine no final das Guerras Clônicas, uma unidade de comando, Ion Team, recusou-se a disparar sobre os seus comandantes Jedi, por diversas razões, e vários outros Commandos desertaram, mostrando que pelo menos alguns Commandos eram independentes.

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