O conflito começou após o JediObi-Wan Kenobi ser capturado em Geonosis sob a acusação de espionagem. Seu aprendizAnakin Skywalker junto com a Senadora Amidala tentaram salvá-lo, mas foram capturados e sentenciados a morte. Eles conseguiram se libertar e enfrentaram as três temidas criaturas: um Acklay, um Nexu e um Reek.
Enquanto isso, o Senado decidia fazer algo contra a iminente ameaça separatista que foi informada por Kenobi, e decidiram proporcionar poderes emergenciais ao Supremo Chanceler, que autorizou a criação de um grande exército para a República.
Entrando no sistema, os jedi abriram fogo nos Canhões de Defesa Orbital causando algumas baixas. Windu e Luminara ultrapassaram as defesas e comandaram os tanques para destruírem as antenas de comunicação para impedir que os separatistas pedissem reforços. As defesas droids foram desativadas e facilmente destruídas pelos Jedi.
Porém, ainda havia um ultimo canhão, que foi desativado por Mace Windu e seu sabre de luz. Sem as defesas orbitais os caças poderiam pousar em uma área segura . Eles dominaram um posto de comando e usaram TTRs para chegarem na arena enquanto os tanques com Mace e Luminara davam cobertura. Ao criar um perímetro , os jedi sorrateiramente se infiltraram na arena.
Ao entrar na arena, os geonosianos fugiram liberando o caminho até Kenobi, Skywalker e Padmé. Com a equipe Jedi em campo, Dookan enviou dezenas de dróides contra os Jedi, que lutaram bravamente até o fim, mas como os dróides estavam em maior número, quase todos foram exterminados. Os poucos sobreviventes foram cercados, e no último segundo foram salvos pelo Mestre Yoda e os clones criados secretamente em Kamino
Após o resgate dos Jedi, os droides e os clones travavam uma enorme batalha nas planícies secas de Geonosis. A República trazia doze transportes classe Aclamator descarregaram as tropas, veículos, artilharia e suporte aéreo. Já os separatistas possuíam vários droides e veículos. Um ponto crucial da batalha era que os gunships da República bombardeavam as naves separatistas e eram superiores as tropas de terra.
Embora os droids estivessem em maior número, eles não tinham defesas contra os ataque aéreos. Os AT-TE, que eram mais resistentes do que os fracos droids aranha, eram muito vulneráveis aos mísseis dos Hailfire droides. Com os gunships derrotando os Hailfire, os AT-TE ganhavam mais vantagens. Mesmo assim os gunships eram derrubados por seus alvos.
Quando os separatistas decidiram evacuar, Mestre Yoda ordenou que o máximo possível de naves da Federação fossem abatidas antes que escapassem para o hiper-espaço. Mas se elas escapassem para a órbita, encontrariam a frota da República interceptando. Com o controle da batalha na superfície, vários esquadrões vasculharam as cidades e torres à procura dos Líderes Separatistas para acabar com a guerra antes que ela começasse.
Um dos esquadrões que se destacou foi o Esquadrão Delta, que eliminou o tenente geonosiano Sun Fac antes que ele escapasse em seu caça particular. Também desativou uma das fábricas subterrâneas e uma nave da Federação, na qual conseguiram as coordenadas de fuga da frota separatista.
Durante a batalha o lider da Confederação, Conde Dookan, tentava chegar no seu hangar secreto onde uma nave o esperava. Mas um LAAT/i carregando Obi-Wan, Anakin e Padmé estava seguindo-o. Dookan ordenou sua escolta geonosiana destruir o gunship, mas só conseguiram jogar Amidala e um clone no deserto a baixo, o que criou uma tensão entre os dois Jedi. Ao chegar no hangar, Skywalker e Kenobi travaram um duelo com Dookan, que revelou ser um lorde Sith. Ele derrotou os dois Jedi, mas antes de executá-los, Mestre Yoda interviu.
Abaixo, Mace Windu também tentava parar Dookan, mas o hangar era muito bem guardado por tanques em terra. Enquanto isso, Dookan distraia Yoda após um feroz duelo para fugir em seu Solar Sailer pouco antes de Padmé chegar com reforços.
A Batalha de Geonosis finalmente acabava, sendo apenas o inicio de um brutal conflito que acabaria com a paz e a justiça.
O Conde Dookan se reune com seu mestre em um prédio abandonado próximo a Cidade Gálactica em Coruscant para lhe informar que a guerra finalmente havia começado. Durante o seu encontro, Darth Sidious mandava Dookan, agora Darth Tyranus, para Raxus Prime, onde deveria preparar uma nova ofensiva contra a República.
Já a razão principal da derrota dos separatistas foi o fato que eles foram pegos completamente de surpresa. Uma outra razão é que os generais Greivous e Sev'ranc Tann, os mais brilhantes comandantes, não coordenaram a batalha. Greivous continuou escondido e matou todos os Jedi e clones que entraram em seu caminho. Enquanto Tann fugiu após matar o padawan Stam Reath.
Mace Windu não conseguiu capturar Dookan, mas felizmente matou o caçador de recompensas Jango Fett, que protegeu os lideres separatistas durante a batalha na arena.